之前说到，虽然是唐玄宗的外孙、宰相萧华的侄子，但萧华被罢相、去世后，早早被任为宫门郎、太子仆的萧复在表哥唐代宗年间，却穷到要卖祖屋。宰相王缙趁机以官职利诱，萧复不肯，王缙怀恨，罢其官，萧复从此数年不得用，但处之自若。
萧复后来累至尚书郎，约大历六年（771年）任歙州刺史，十年（775年）任池州刺史并在刺史大厅西北建楼，在楼上藏《九经》书；在两州刺史任上治政井井有条；十二年（777年）又任常州刺史。
大历年间，有司察访天下刺史政绩，以萧复与润州刺史萧定、豪州刺史张镒为第一，但萧定劝课桑稼、平均赋税、聚集游民胜过萧复、张镒。
任内，萧复辟武康尉王纯为从事，在唐德宗年间，王纯将因善于搞钱而成为说话比宰相都管用的近臣。诗人刘长卿有《送方外上人之常州依萧使君》；戴叔伦有《郊园即事寄萧常州复》。
萧复的胞姐嫁给监察御史李錪，有三女，无子，守寡后回到本家。萧复三次出任州刺史，其姐都随之。
唐德宗大历十四年（779年），也就是唐德宗登基那年，萧复被任为湖南观察使兼潭州刺史。李元平曾为其判官，不过这人后来在朝廷的用人之际丢了大人。
建中元年（780年），萧复辞让宪官（御史台或都察院所属的官员），获准。同年，改任同州刺史，其姐亦随之赴任，但病卒于途中。
任内，本州百姓遭遇饥荒，萧复擅自用同州境内的京畿观察使储粮赈灾，被弹劾、削阶，停刺史职。朋友们来安慰他，萧复怡然说：“我让别人受益，受点惩罚不应该吗？”三年（782年）卸任同州刺史，任为兵部侍郎。
建中四年（783年），蔡州淮西节度使李希烈叛乱，德宗任皇子普王李谊（其实是德宗弟郑王李邈的儿子）为荆襄等道行营都元帅，统领诸军讨伐李希烈，以萧复为户部尚书、兼御史大夫、元帅府行军长史。因“行”与萧复父讳“衡”同音，特诏改行军长史为统军长史。
但李谊还未离京，本是勤王之师的泾原军就兵变了，德宗逃到奉天。萧复与百官随驾。泾原兵拥戴太尉朱泚为首，朱泚起初称要迎驾回京，但很快计划称帝。
德宗认为奉天太狭小，想驾幸曾经和萧复同期并列天下第一刺史的前宰相张镒治下的凤翔军。萧复得知，赶紧请见德宗，说：“陛下大误，朱泚曾任凤翔节度使，凤翔将卒都是朱泚以前的部曲，其中必有与之勾结的。臣尚且担忧张镒不能长久在任，岂能以圣驾踏上不测之渊！”德宗说自己已经决定了，但会为了萧复的意见而多停留一天。
次日传来消息，朱泚旧部李楚琳兵变杀张镒，夺取凤翔。也就是说，如果不是萧复的及时提醒，后果不堪设想。
萧复以朝议大夫、守户部尚书兼御史大夫充荆襄江西等道都元帅统军长史、丰县开国公、赐紫金鱼袋的身份被任为守吏部尚书，散官封赐如故，与刑部侍郎刘从一、谏议大夫姜公辅并加同平章事宰相头衔，为实质宰相，位极人臣，算是实现了伯父萧华的期许。
因兵乱，萧复的姐姐也不能归葬，后来才由萧复的次子奉其丧在某乡原暂时安葬。
朱泚称帝，国号秦，很快围攻奉天，要是朔方节度使李怀光来晚几天，德宗几乎成为亡国之君。
萧复请求改革，建议不给宦官兵权，召回监军宦官。德宗很不悦。
萧复又说：“陛下践祚之初，圣德光被，自从用了杨炎、卢杞败坏朝政，以致今日。陛下如能改变想法，臣敢不竭力？如果希望臣为了苟安而依附阿谀，臣实不能，不敢当宰相。”
推行两税法的杨炎虽然不算什么好人，但当时已经被卢杞陷害而死，可谓死非其罪。卢杞屡次陷害忠良，后来甚至还逼反了救驾有功的李怀光，却仍然得到德宗的信任。
一次，萧复与卢杞一同奏事，卢杞奉承依顺德宗，萧复正色说：“卢杞言不正！”德宗愕然，退下就对左右说：“萧复轻视朕！”德宗此举被认为猜忌刻薄、刚愎自用、耻于为正论所屈，故怀疑萧复、不能容之。
兴元元年（784年），萧复刚被任为门下侍郎，就被德宗委以重任，充山南东、西、荆湖、淮南、江西、鄂岳、浙江东、西、福建、岭南等道宣慰、安抚使，其实是疏远他。刘从一及朝士们奏请留萧复在朝，德宗对考功郎中陆贽说：“朕当初想派重臣宣慰江淮，宰相和朝士都赞同，怎么现在又反复了？真是令朕连日怅恨！是不是萧复不肯出发，指使他们？”
只是恐怕大臣们当初同意的时候，也想不到德宗派去的重臣会是萧复。
陆贽上奏辩解说，当初萧复任常州刺史时，我也曾在常州两年，我了解他，他有节操不会做这样的轻诈之举，如果他想留下，刘从一不会附会；如果他有所请求，刘从一不会隐瞒；若刘从一心怀奸邪，则他不应当被怀疑。
于是德宗不再追究，但萧复仍然被外放了。他以户部员外郎齐抗为工部员外郎、判官。齐抗正是张镒在凤翔时的宾佐。
萧复曾派奏事官李充劝德宗幸江陵，但德宗下圣旨表示不懂其意，又怀疑李充非纯良，让中使马钦绪把萧复表文和圣旨给陆贽看，说自己曾问刘从一，刘从一也很惊怪不明事由。陆贽上表为萧复辩解，指萧复的请求虽然不妥，却是人臣之常情、古今之通理，李充也是宗室里的人材。
德宗看后仍表示责怪萧复不明事体，担心他再出错，正好福建观察使孟皞年老，想除授萧复代之，让马钦绪带着圣旨问陆贽的看法，陆贽认为不妥。
如果德宗是个能分清好坏的明君，也许陆贽也早已拜相了。
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