最主要的原因就是立威。
中国历史上有一种说法，叫“行伊霍之事”，意思就是：权臣摄政废立皇帝。
以中国历来的传统思想来看，权臣废立皇帝是有争议的，以臣废君，是以下犯上，君主是否昏庸，臣子有没有权力废立，一直是有很大的争议。
从秦朝到东汉末年，真正废立皇帝成功的，也只有霍光一人，像赵高和王莽这样的篡位的，都不能称之为权臣，而是称为逆臣，还包括跋扈将军梁冀这样的逆臣。
废立皇帝有巨大的政治风险，哪怕皇帝不合格，臣下又是如何判定皇帝昏庸的呢？很难形成标准，一旦开了这个头，就不断会有权臣“行伊霍之事”，容易造成政治动荡。
董卓
不仅如此，废立皇帝的难度也非常大，霍光之所以能成功废立皇帝，那是靠着多年的政治经验和满朝文武百官及太后的支持才办到的。
因为刘贺从封地带来的人有取代满朝文武百官的趋势，群臣与霍光的政治利益是一致的，才得以顺利实施。
权臣一旦成功废立皇帝，个人威望、名声、地位都会得到迅速提升，这是立威最好、最快的办法。
《后汉书 董卓传》：百僚大会，卓乃奋首而言曰：“大者天地，其次君臣，所以为政。皇帝暗弱，不可以奉宗庙，为天下主。今欲依伊尹、霍光故事，更立陈留王，何如？”公卿以下莫敢对。卓又抗言曰：“昔霍光定策，延年案剑。有敢沮大议，皆以军法从之。”坐者震动。
董卓行伊霍之事，废立皇帝
董卓进京后，迅速在军事上取得绝对优势，控制了兵权，在进京的两天后，就召集百官，准备废立皇帝，董卓在会上说道：
天下最大的是天地关系，其次为君臣关系，这是为政的根本。皇帝糊涂懦弱，不能够事奉宗庙，做天下的君主。如今想依照伊尹、霍光的旧例，改立陈留王刘协，你们认为如何？
公卿以下的百官无人敢说话。
董卓接着说：
从前霍光定决议，田延年按剑监督，有敢阻碍方针大计的，都以军法从事。
在座的百官都受到震撼，不敢说话，只有尚书卢植起来反对：
从前太甲即位以后昏暗，吕邑王罪过有一千多条，所以有废立的事。当今皇上尚且年轻，行为没有不当之处，不能和以前的事例相比。
董卓强行废立皇帝
董卓大怒，离席而去，第二天董卓再次召集百官，并威逼何太后，要她下诏废除汉少帝刘辩。
董卓因为兵权在手，谁敢不从，因此废除刘辩，改立陈留王刘协为帝，并且随后不久毒杀太后与刘辩。
不要小看董卓，他是自秦朝以来，首次有地方军阀进京控制朝政，并成功废立皇帝的人，能办成这样的事，他的威望能够得到无限地提升。
大概就是天下人只知道有董卓，不知道有皇帝这样的感觉。
这样就能立威。
立威之后，就能方便掌控朝廷。
除了立威之外，废立皇帝还有两个原因：
一是有利于培养自己的势力。
刘协是汉灵帝的小儿子，本来他是无缘皇帝之位的，虽然汉灵帝活着的时候想废长立幼，废除刘辩立刘协，但由于阻力太大，未能成功。
汉献帝刘协
阻力一方面来自传统思想，中国历史上有嫡长子继承制，刘辩不仅是长子，还是嫡子，地位牢不可破，另一方面是何皇后和大将军何进等人的强力支持。
现在董卓做了当初汉灵帝都没能完成的事，从董卓的角度来考虑问题，刘协是董卓立的，自然会感激董卓，董卓就能利用刘协来培养自己的势力。
至于有人说刘协比刘辩聪明，不利于董卓控制朝廷，这种说法是不对的，当时的刘辩已经17岁，还有两三年就成年了，一旦成年了，按照传统就要加冠和亲政，这对董卓来说是不利的。
董卓虽然一手遮天，但还是不能违背传统。
而刘协只有9岁，虽然他聪明，但不代表刘协就能更强，一方面刘协年龄更小，方便控制，另一方面董卓有更多的时间来掌控朝廷权力。
只要权臣的权力基础形成了，皇帝聪明不聪明的意义并不大，皇帝聪明能更好地配合权臣让位，想要反抗权臣，却是很难的。
董卓为了立威
你看汉献帝刘协成为傀儡之后，先被董卓控制，接着被王允、李傕、郭汜控制，最后被曹操控制，刘协如何反抗，哪怕有衣带诏这样的事件，刘协就能翻盘吗？很难的，几乎不可能。
只要权臣掌控了权力，稳定了地位，皇帝聪不聪明真不重要，重要的是皇帝无法摆脱傀儡身份。
二是打击前朝外戚势力。
刘辩能够成为皇帝，背后是有一系列力量支持的。
包括但不限于他的母亲何太后、他的舅舅大将军何进、他的另一个舅舅车骑将军何苗等等。
何进与何苗虽然在动乱中被杀，但是何太后还活着，董卓如果不把刘辩废掉，等到刘辩长大后，就会联合一批力量夺权，而支持刘辩最大的势力就是何太后。
身为太后，是有权力下诏废立皇帝和诛杀权臣的，董卓可不想给自己留一个定时炸弹，他废立皇帝的目的之一就是干掉何太后，一劳永逸。
董卓为了打击外戚势力
而刘协虽然是皇子，但父母双亡，背后也没有外戚势力支持他，即使刘协将来长大，还夺权，也没有势力支持刘协。
看看东汉一百余年的历史就知道了，小皇帝继位时，大多被权臣控制政权，这些权臣多是太后的亲戚，也就是外戚，外戚跟太后是一个系统的，小皇帝想夺回权力，一般会等到太后去世，再联合宦官、士族等势力对外戚动手。
想要彻底剪除皇帝的势力，就要消灭皇帝的亲戚，也就是外戚，没有外戚，皇帝很难翻身，后来刘协发动衣带诏时，也是要求他的外戚（老丈人）董承诛杀曹操的。
选择一个背景干净的刘协当皇帝，有利于孤立皇帝，同时维护董卓的权力。
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